و آثار وى در رياضيات و فلك و جغرافى پايه‌گذارى شده است ، و به اين جهت مىبينيم كه بررسىهاى خود را در مورد طوسى براساس اين شهرت قرار داده از ديدگاه رياضيات و فلك‌شناسى به بررسى او پرداخته‌اند . امّا جوانب و جهات ديگر علمى او ، از قبيل فلسفه و منطق و طبيعيات ، مورد مطالعه و بررسى قرار نگرفته و همچنان در بوتهء اجمال مانده است و اگر توجه‌گونه‌اى به اين جهات و جوانب نيز شده است سرسرى و تبعى بوده است . خواجه ، بىشك ، از اركان فكر و فلسفهء اسلامى بود كه به توسعهء افكار اسلامى كمك كرد و آن را به شاهراهى وسيع سوق داد . بيشتر دانشمندانى كه پس از او به عرصهء وجود آمدند از لحاظ علمى متكى بر افكار و آراء او بودند ؛ كتابهاى او در فلسفه و منطق و كلام به صراحت بر اين ادعا گواه است . پس چرا دانشمندان متأخر به اين جنبه از افكار خواجه توجه نكرده‌اند ؟ اين پرسشى است در انتظار پاسخ . شايد علت اين عدم توجه در اين است كه دانشمندان متأخر در زمانى زندگى مىكنند كه جنبه‌هاى مادى علوم بيشتر مورد توجه است ، ازاين‌رو به ديگر جنبه‌هاى خواجه توجهى نشده است . طوسى بىشك ، شيعهء امامى و اثناعشرى بوده ، تأليفات او در علم كلام كه مشتمل بر مسائل امامت است تصريح به امامت ائمهء دوازده‌گانه و عصمت آنان مىكند ، بلكه رسائل ، همچنين رساله‌هاى او صراحت به اين معنى دارد . به‌علاوه از محضر گروهى از علما و فقهاى شيعه ، از قبيل كمال الدّين ميثم بحرينى و معين الدّين مصرى كسب فيض كرده است . با تمام اين دلائل و قرائن از برخى نامه‌هاى اسماعيليان باطنى مذهب معلوم مىشود كه خواجه طوسى اسماعيلى و از بزرگان دعاة آنها بوده است . مثلا در رسالهء الدستور و دعوة المؤمنين الى الحضور از مبلغ اسماعيلى شمس الدّين احمد بن يعقوب طيبى ، از خواجه نام